《魔の三角海域》バミューダトライアングルで、旅客機が正体不明の敵に撃墜された。海洋学者のヴェラたち、わずかな生存者はある島に漂着するが、現れた謎の兵士たちに捕らわれてしまう。彼らが連れていかれたのは、伝説の帝国アトランティスの《海底ドーム都市》だった。人類をはるかに凌ぐ科学力を持ち、巨大怪獣ヒュドラを操るアトランティス神王の狙い。それは人類を駆逐し、自らが地球の支配者となることだった。ヴェラたちは、神王の野望を阻止するため決死の戦いを挑むが……。